ارتباط سازمان ها با یکدیگر در اتوماسیون اداری معمولا از طریق پست الکترونیکی(در بستر اینترنت) و یا شبکه پیام دولت انجام می شود. برخی سازمانهای دولتی که از اتوماسیون اداری استفاده می کنند برای مکاتبات اداریِ بین سازمانیِ خود مطابق با دستورالعمل نهاد ریاست جمهوری از شبکه دولت به جای اینترنت استفاده می کنند. در اتوماسیون اداری سیما نوین امکان برقراری ارتباط با وب سرویس شبکه دولت فراهم آورده شده است و بنابراین امکان ارسال و دریافت نامه از طریق وب سرویس پیام دولت که مختص سازمانهای دولتی است و در بستر اینترنت ملی صورت می پذیرد و امکان مکاتبه با سایر نرم افزارهای اتوماسیون را دارد ایجاد شده است.