اتوماسیون اداری سیما نوین از چندین زیرسیستم اصلی تشکیل شده است. یکی از این زیرسیستم هایِ اصلی دبیرخانه است. این زیرسیستم جهت کار کاربران دبیرخانه تنظیم شده است و در آن کلیه امور مربوط به دبیرخانه اعم از ثبت نامه های اداری در دفاتر وارده و صادره (به تفکیک) یا شماره دهی به صورت مرکزی از یک دفتر ثبت (به صورت مجتمع) و ارسال برون سازمانی (مانند فکس، بین سازمانی، ای سی ای و ایمیل) در بخش دبیرخانه انجام می‌شود. همچنین دریافت نامه‌های وارده و به گردش درآوردن آن‌ها ( به شکل مشابه با آنچه برای نامه‌های داخلی در زیرسیستم گردش اطلاعات انجام می‌شود) نیز از امکانات تعریف شده در دبیرخانه است.
گزارش‌گیری و چاپ نامه از دفاتر ثبتی به اشکال رونوشت، بایگانی، عنوان و ساده با ملحقات نامه به صورت اختیاری و همچنین چاپ نامه های خاص برای سازمانهای خاص و مرتبط با سایر نرم افزارها مانند چاپ دانشنامه، گواهی موقت، اسناد احکام با سیستم آموزش مناسب برای دانشگاه ها و دانشکده ها نیز از جمله امکانات موجود در دبیرخانه است.
از دیگر امکانات موجود در دبیرخانه می‌توان به شماره زنی اتوماتیک در زمان ثبت، تعیین ارتباط بین نامه های وارده و صادره (عطف و پیرو) برای دفعات نامحدود، اسکن کردن اسناد و مدارک به طور نامحدود، بایگانی نامه ثبتی در بایگانی واحد یا شخصی بدون نیاز به ثبت مجدد، ارسال اطلاعات بصورت الکترونیک بین دبیرخانه ها و جستجوی بروی کلیه اطلاعات ثبتی نامه از قبیل شماره ثبت، ثبت‌کننده، تاریخ ثبت و بر روی اسناد جاری یا اسناد آرشیوشده اشاره کرد.