اتوماسیون اداری سیما نوین از چندین زیرسیستم اصلی تشکیل شده است. یکی از این زیرسیستم هایِ اصلی زیرسیستم مدیرسیستم است. فقط کاربر ادمین به این زیرسیستم دسترسی دارد. مهم‌ترین کاربرد این بخش تعریف کلیه موجودیت‌های درون یک سازمان، تعیین روابط بین این موجودیت‌ها و تعیین مجوزها و سطوح دسترسیِ پرسنل سازمان در اتوماسیون اداری است. به عبارت دیگر این بخش برای تعریف ساختار چارت سازمانی و تعیین مجوزها و دسترسی‌های پرسنل بر اساس سمت‌های منصوب به آن‌ها در نظر گرفته شده است.
تعریف و نمایش چارت سازمانی به دو شکل جدولی و درختواره در اتوماسیون قابل انجام است. بخش‌های مجزایی برای وارد کردن مشخصات کاربری پرسنل و انواع مجوزهای مورد نیاز برای کار با اتوماسیون شامل چند صد نوع مختلف مجوز، دسترسی، نحوه ارسال و مخاطبین برای پرسنل در سیستم نظر گرفته شده است. امکان تعیین پرسنل منصوب به سمت‌ها و جانشین آن‌ها و تغییر سمت افراد و تغییر مجوزها و دسترسی‌ها به شکل فردی و گروهی در اتوماسیون فراهم آورده شده است.
علاوه بر این، تعریف دفاتر ثبتی سازمانی و تمدید دفاتر سازمان برای سمت‌هایی که دسترسی به دبیرخانه به آن‌ها داده شده است در این بخش با جزئیات دقیق آورده شده است. تعریف امضا الکترونیک و انتصاب آن به پرسنل و همچنین تنظیمات پیچیدگی رمز و زمان انقضا گذره‌واژه در این بخش انجام می‌شود. بخش‌های ویژه‌ای هم برای جستجو بر روی چارت سازمانی و بر روی پرسنل و عناوین در این زیرسیستم قرار داده شده است.
بخش تنظیمات در زیرسیستم مدیرسیستم دارای امکانات متعدد و متنوعی است. خبرنامه‌ها، ایجاد گروه‌بندی گزارشات، انتقال در چارت، انتقال بایگانی، انتقال پوشه‌ها، تنظیمات دسترسی‌ها و گروه‌های ارسال و بسیاری امکانات دیگر در این بخش قرار دارند.
بخش گزارش‌ها در زیرسیستم مدیر سیستم گزارش‌گیری از چارت سازمانی، گزارش عناوین و پرسنل فعال، گزارش از لاگ‌های سیستم، گزارش آماری دبیرخانه بر اساس واحدها و … را شامل می‌شود. در صورت نیازِ کاربر به تعریف گزارش جدید، گروه سامانه‌های هوشمند نسل سوم آمادگی ایجاد انواع مختلف گزارش‌گیری جدید را دارد.